2003年成立，2011年获批为重庆市人文社科重点研究基地。主要研究口岸、保税区及商贸通道的集成优化、管理制度与运作模式等，借此提高物流效率。中心现有研究人员32人，其中教授15人，博士21人。自成立以来，先后承担等110余项课题的研究工作，解决了航运与口岸发展中的一系列问题，向政府和企事业单位提供咨询报告70多份，推动了重庆航运交易所的建立、航运指数发布以及国内首条内陆公路国际集装箱班线开通，成果获得省部级科技进步二等奖2项，三等奖4项，重庆市发展研究奖2项，中国物流学会奖50余项，发表SSCI、SCI、EI、CSSCI收录文章120余篇，教材专著30余部，培养硕士研究生150余人，培训航运管理人才5000多人次。成功举办承办了系列学术会议。中心现已成为长江上游口岸物流与航运研究及人才培训培养的基地。（http://kahywl.cqjtu.edu.cn/）